Protéomique

La protéomique est l'analyse à grande échelle du protéome, qui englobe l'ensemble des protéines présentes dans un échantillon donné. Généralement réalisée par spectrométrie de masse (SM), cette méthode basée sur la masse identifie les protéines, mesure leur quantité et détecte les modifications pour fournir un aperçu biologique complet.

Workflow standard pour la protéomique par spectrométrie de masse

1. Les protéines sont décomposées en fragments plus petits appelés peptides.
2. Les peptides sont séparés pour réduire la complexité de l'échantillon.
3. Les peptides sont ionisés pour porter une charge électrique.
4. Les peptides sont fragmentés en ions plus petits.
5. Les données obtenues sont interprétées pour déduire des informations sur la séquence d'acides aminés.

Interpréter les résultats de protéomique sur un rapport de laboratoire

Voir la mention « protéomique » ou « analyse par SM » sur un rapport de laboratoire indique qu'une mesure systématique basée sur la masse a été réalisée. Cette mention seule ne garantit ni une pureté absolue ni une sécurité absolue. Bien que les spectromètres de masse soient très sensibles, ils peuvent produire des faux positifs ou des faux négatifs. Les échantillons biologiques sont également confrontés à un problème de gamme dynamique, où des concentrations élevées de protéines peuvent masquer les impuretés de faible niveau.

Des résultats fiables dépendent d'un contrôle qualité rigoureux, comme la validation de la méthode et l'étalonnage de l'instrument. Il est important de distinguer la protéomique de la peptidomique, qui étudie spécifiquement les peptides natifs naturels. La protéomique diffère également d'une simple mesure de masse, comme un test LC-MS unique pour un seul peptide isolé, car elle implique une analyse à grande échelle sur de nombreux analytes différents.